广东应用技工学校医药系是学校重点和特色建设专业，现开设有中药、药物制剂、药品营销、护理(中药理疗)、护理(婴幼儿护理)、口腔义齿制造、环境保护与检测等7个专业方向，初中起点中级层次学历班级。
护理(中医理疗)
培养目标：面向医护行业，培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握中医药理疗、康复、保健知识与技能，具备推拿、按摩、拔火罐等中医康复与保健护理的技能应用型人才。
校企合作单位：广州中医院、广州保健院、广州养老院、广州疗养院、广州连锁中医理疗医院等医疗护理单位。
护理(婴幼儿护理)
培养目标：面向托幼机构、早教机构、社区、家庭教育咨询机构等行业，培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握系统的早期教育理论、科学的婴幼儿护理卫生等知识和技能，具备科学人文素质和婴幼儿保育工作领域的应用型技能护理人才。
校企合作单位：广州中医院、广州保健院、广州胡忠妇产医院、广州温和连锁月子中心、广州明心连锁幼儿园等单位
药品营销
培养目标：培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握药品营销、临床调剂、药品物流所必需的相关理论知识和实践操作技能，具有良好的职业素质和文化修养，能够在医疗机构、药品生产企业、药品经营企业从事药品的采购、储存、物流管理、销售、中西药调剂、咨询等工作的技能应用型人才。
校企合作单位：广州啊康药业、广州白云山制药厂、广州云南药业、广州大参林连锁药店、广州宝芝林连锁药店、广州康德乐连锁大药房等药业单位。
药物制剂
培养目标：培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握药学基础、药事管理、药品生产、经营与管理基本知识和常用药物制剂制备的基本理论与操作技术，能够在药品生产企业、药品经营企业、医疗卫生部门和药品监督管理部门从事药物制剂生产、质量控制、制剂分析检验、药品营销及药品服务等工作的中级技能应用型人才。
校企合作单位：广州啊康药业、广州白云山制药厂、广州云南药业、广州大参林连锁药店、广州宝芝林连锁药店、广州康德乐连锁大药房等药业单位。
中药
培养目标：培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握药品营销、临床调剂、药品物流所必需的相关理论知识和实践操作技能，具有良好的职业素质和文化修养，能够在医疗机构、药品生产企业、药品经营企业从事药品的采购、储存、物流管理、销售、中西药调剂、咨询等工作的技能应用型人才。
校企合作单位：广州啊康药业、广州白云山制药厂、广州云南药业、广州大参林连锁药店、广州宝芝林连锁药店、广州康德乐连锁大药房等药业单位。
口腔义齿制造
培养目标：面向口腔齿科行业，培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握牙体义齿加工、制作、修复等口腔知识与技能，具备口腔数字化技术应用能力，能从事口腔牙体建模、义齿加工制作、口腔义齿健康修复等工作，并具有一定的自我学习、自我发展能力、创新、创业能力和良好的职业素养的口腔齿科行业技能应用型人才。
校企合作单位：广州德仑口腔医院、广州穗华口腔医院、东莞固德口腔医院、广州美莱口腔机构等口腔单位。
环境保护与检测
培养目标：面向环境保护企事业单位，培养德、智、体、美、劳全面发展，掌握环境保护与监测基础知识和操作技能，具备从事环境采样、样品及试剂耗材管理、样品前处理、检测分析、报告编制、检测客服、环境自动在线监测系统运维管理、简单建设项目环境影响评价和常规环保设施运营等工作的技能应用型人才。
校企合作单位：东莞居风环保工程有限公司、广州漓源环保污水处理公司、广东科蓝环保科技公司、广东众城环保科技有限公司、深圳在线监测科技集团(深圳)有限公司等。
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